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中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所中心實驗室第二屆生物信息學培訓班通知

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  近年,腸道菌微生物相關研究突飛猛進,為臨床醫學、營養學、食品科學、動物科學帶來全新氣象。為促進科研人員對腸道微生物的了解和學習,推動腸道微生物研究在各學科領域應用及發展,北京畜牧獸醫研究所中心實驗室擬于 2019 年 5 月 7 日-5月 10 日召開第二屆生物信息學培訓班。本次培訓班由動物營養學國家重點實驗室基因組平臺與美國俄亥俄州立大學食品、農業和環境科學學院聯合舉辦,特邀請北京畜牧獸醫研究所特聘研究員于忠堂教授和Tansol Park博士(簡歷見附件 1)專程授課,對學員進行理論、操作、數據分析等培訓。

 

  培訓目的:

 

  本培訓班向參會學員介紹基本概念、實際操作、數據分析等內容。采取專家授課,理論課與實踐課相結合,講師與學員研討的方式進行,提供充足的實際操作機會,讓每個參加研討會人員學有所成。

 

  培訓對象:

 

  從事生命科學、農學等領域的科研工作者、高校教師及研究生,及從事腸道微生物分析的技術人員。

 

  培訓內容:

 

  Day 1上:腸道微生物組的基本概念-教室授課

  A. 腸道微生物組的基本概念和研究發展簡史;

  B. 細菌、古生菌、真菌及原生動物的系統分類學;

  C. 瘤胃和動物腸道內常見的微生物菌群;

  D. 胃腸道微生物研究中經常遇到的問題;

  E. 微生物分析試驗設計涉及的相關重要事項;

  Day 1下:Linux系統和QIIME2的介紹-實驗室授課和實操

  A. 虛擬機安裝到Windows;

  B. QIIME2在虛擬機及Linux系統下的安裝;

  C. 軟件常見命令的介紹

  D. 本次培訓所需的其它環境的安裝

 

  Day 2上:腸道微生物組多樣性專題1-教室授課

  腸道微生物研究中的重要問題
研究項目的設計與執行—棕櫚酸(C16:0)對消化和對瘤胃以及糞便微生物組的影響

  1)整體實驗設計;2)需要分析的類別;3)樣本收集和保存;

  4)用于腸道微生物宏基因組分析的標記基因的選擇;

  5)宏基因組DNA提取;6)擴增子庫的制備;7)DNA測序平臺的介紹與選擇

  Day 2下: DNA提取和文庫擴增—實驗室實操

  A. 從選擇的樣本中提取DNA (3人/組)

  B. 質量評估與定量

  C. 擴增子庫的制備(使用兩步法)

  D. 擴增文庫的質量檢查

 

  Day 3上:腸道微生物組多樣性專題3-教室授課

  研究項目的設計與執行—棕櫚酸(C16:0)對消化和對瘤胃以及糞便微生物組的影響(續)

  1)Miseq測序數據的生物信息分析流程;2)數據處理與質控;

  3)操作分類單元(OTU)的選取和代表序列的選擇;

  4)擴增子序列變異體(ASV)的選取;5)代表性OTU序列的分類;

  6)如何深入理解每個樣品的α多樣性;7)如何深入理解不同樣品間的β多樣性;

  8)如何針對科學問題對數據進行展示和說明

 

  Day3下:QIIME2-實驗室實操

  A. QIIME2分析流程介紹;

  B. QIIME2分析流程解釋與示范;

  C. 微生物組數據的多變量分析

 

  Day 4上:腸道微生物宏基因組學研究-教室授課

  A. 為什么選擇宏基因組學?

  B. 依據菌群16S rRNA測序數據預測功能多樣性-PICRUSt2

  C. 宏基因組鳥槍測序, 短序列組裝, 基因預測, 基因注釋

 

  Day 4下:功能預測和網絡互作分析-實驗室授課和實操

  A. PICRUSt2功能預測;

  B. 利用STAMP對功能性狀進行統計分析;

  C. 利用SCNIC和Gephi可視化分析網絡互助;

  D. 問答環節

 

  學員自備電腦的配置要求:

 

  Intel第6代i5或i7 處理器(64 bits)及以上;Windows 7(64 bits)及以上;內存8 GB;可用硬盤100 GB。

 

  培訓特色:

 

  特色一:整體引進美國俄亥俄州立大學最前沿技術作為培訓教程;

  特色二:理論和實踐相結合,保證學員有充足實操實踐;

  特色三:授課內容豐富,涵蓋了腸道微生物分析的各個步驟和環節。

 

  培訓費:

 

  2019年4月10日前繳費,每人2500元/人,學生2000元;

  2019年4月20日后繳費,每人3000元/人,學生2500元;

  現場繳費:每人4000元/人,學生3500元;所開具的發票為培訓費。

  培訓費包含培訓資料費、培訓期間的午、晚餐費用,但住宿及往返車票自理。

 

  培訓費交付方式:

 

  1)銀行轉賬

  戶名:中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所

  銀行賬號:11050101040010287

  開戶行:中國農業銀行北京市分行海淀支行營業部

  2)刷卡支付(培訓支持現場付費,但參會者必需在報道截止日前在線或郵件反饋回執表)

  匯款后請將匯款憑據發email至[email protected],以確保匯款安全到賬,也可以在大會報到時提交匯款憑據,以便查詢。由于人數眾多,請提早報名,以便統計安排相關事宜!非常感謝您的支持與配合!

 

  優惠項目:

 

  培訓班學員,今后在中心實驗室進行基因組學相關分析,數據分析費按 8 折給予優惠。

  報道時間:2019 年 5 月 6 日全天-5 月 7 日上午9點

  培訓時間:2019 年 5 月 7 日-5 月 10 日

  培訓地點:中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所,牧醫1號樓三層報告廳

 

  友情提示:

 

  本次培訓包含微生物宏基因組測序原理、操作及后續數據分析,請學員自帶筆記本電腦。

  聯 系 人:李明 盧凌 饒正華

  聯系電話:010-62816076、15801609856、18515281695

  電子郵件:[email protected]

 

  北京畜牧獸醫研究所中心實驗室

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